Bilgisayar işletmeni: Rektörlük Payından ödemesi yapılacak olan faturayı Muhasebe Yönetim Sistemine giriş yaparak sistem üzerinden Genel Sekreter ve Araştırmalar Direktörüğüne onaya gönderir. Ödeme emri belgesi sistem üzerinde onaylandıktan sonra 4 nüsha çıktı alır ve TÜBİTAK Transfer Sistemine de Muhasebe işlem fişi girişi yaparak 2 nüsha çıktı alır ve kontrol ve paraf için şefe sunar.
Şef: Muhasebe işlem fişleri, Ödeme emri belgeleri ve eklerini kontrol eder, Kurum hissesi harcamalar defterine işler ve paraflar, şube müdürüne sunar.
Şube Müdürü: Yapılan harcamanın planlanan projenin rektörlük payından yapılıp yapılmadığını kontrol eder ve paraflar.
Daire Başkanı: Kontrol ederek paraflar ve Genel Sekreter ile Araştırmalar Direktörlüğüne imzaya sunar.